Ada beberapa kelemahan dalam beternak ayam jawa super ini antara lain adalah:
- Karena ukuran tubuhya besar, selera makannya juga cukup besar alias rakus sehingga terjadi pemborosan pakan.
- Tidak seperti ayam buran pada umumnya, ayam jawa super termasuk jenis ayam yang malas mengerami telurnya.
- Tidak seperti ayam kampung yang telurnya bisa diperjualbelikan per butir, cara penjualan telur jawa super ini disamakan dengan cara penjualan telur ayam negeri, yakni hanya dijual dalam satuan kilogram (kiloan).
- Karena standar jualnya kiloan, dengan sendirinya harga telurnya menjadi lebih murah dibandingkan dengan telur ayam kampung.
- Ayam jawa super masih jarang ditemukan dipasaran, kalaupun ada, hanya ditemukan didaerah-daerah tertentu. Hal ini jelas berbeda dengan ayam kampung dan ayam negeri yang sudah dikenal dan tersebar dimana-mana. KOndisi ini agak memepersulit konsumen atau masyarakat untuk mendapatkannya, kecuali jika mau sedikit bersusah payah dengan cara berburu ke luar daerah.