Salah satu langkah yang harus dilalui dalam beternak ayam jawa super adalah mmemilih bibit. Pemilihan bibit yang baik akan menentukan produkau seleksi dikemudian hari. Dalam memilih atau seleksi bibit, ada tiga pedoman yang biasa dipakai, yakni seleksi individu, seleksi hasil produksi dan seleksi silsilah.
Seleksi individu adalah seleksi atau pemilihan bibit berdasarkan bentuk dan kondisi fisik ayam yang bersangkutan. Pola seleksi semacam ini paling banyak digunakan peternak karena lebih mudah dilakukan dan hasil yang diperoleh lebih objektif. Seleksi hasil produksi adalah seleksi bibit berdasarkan kulitas dan kuantitas produksi dari hasil keterangan para penjual atau peternak sebelumnya. Sementara itu, seleksi berdasarkan silsilah keturunannya hanya bisa diperoleh dari penjual atau langsung dari peternak berdasarkan data atau catatan-catatan yang ada.
Seleksi hasil produksi dan seleksi keturunan jarang dipilih oleh para peternak karena hasil yang diperoleh biasanya kurang akurat dan kurang bisa dipertanggungjawabkan. Beberapa kelmahan dari kedua cara seleksi tersebut adalah tingkat kejujuran dari data atau catatan-catatan yang diberikan oleh peternak atau penjual tidak akurat, tingkat manipulasi data untuk sekedar mempromosikan ayamnya agar dipercaya konsumen masih cukup besar, dan sebgaian besar peternak belum melakukan pendataan atau pencatattan secara detil hasil produksi dan silsilah atau asal-usul ayam-ayamnya. Barangkali faktor=faktor itulah yang menjadi pertimbangan orang lebih memilih menggunakan seleksi individu.
Seleksi individu yang didasarkan pada bentuk, kondisi atau ciri-ciri fisik ayam jawa super ada tiga, yaitu ciri-ciri ayam betina atau induk petelur yang baik, ciri-ciri ayam jantan yang baik dan ciri-ciri anak ayam yang baik.
